Nach dem Verschwinden der sublitoralen Seegraswiesen zu Beginn der 30er Jahre sind seit den siebziger Jahren auch im Gezeitenbereich der niedersächsischen Küste die Seegräser Zostera noltii und Zostera marina von drastischen Rückgängen betroffen. Das Ausmaß der Verluste wurde 1993 und 1994 (Ergänzungen 1995) mit einer flächendeckenden Kartierung der gesamten niedersächsischen Watten dokumentiert. Im Vergleich mit früheren Bestandserhebungen sind von den vormals ausgedehnten Seegrasvorkommen nur Restbestände erhalten geblieben. Seit 1970 hat sich die Gesamtfläche von rd. 35 km² auf rd. 8 km² verringert. Das Hauptvorkommen konzentriert sich mit 3,5 km² im Jadebusen. Vor allem an den Küsten Ostfrieslands und Butjadingens und auf den Watten zwischen Weser und Elbe gingen großflächige Seegraswiesen verloren, während der Jadebusen und die polyhalinen Bereiche von Weser und Emsmündung weniger stark betroffen sind. Die Restbestände, insbesondere der Zostera marina Vorkommen, sind überwiegend stark ausgedünnt. Über die Ursachen des Seegrassterbens besteht noch Unklarheit. Anzeichen für Schädigungen von Sprossen und Laubwerk wurden nur vereinzelt beobachtet. Einige Seegraswiesen sind stark mit makrophytischen Grünalgen überwuchert. Es lässt sich ein Schädigungsgradient entlang der Küste von relativ intakten Beständen in Dänemark und Nordfriesland über starke Verluste in Niedersachsen bis zu fast vollständigem Schwund im niederländischen Wattenmeer feststellen. Dieses Verteilungsmuster deutet auf Einflüsse durch Nähr- und Schadstoffeinträge hin. Das Seegrassterben kann als Signal für gravierende Umweltverschlechterungen im niedersächsischen Wattenmeer angesehen werden.